COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 19.961674 28.009623 27.247123
2021-01-14 17:00:00 25.138842 25.138842 27.769971
2021-01-13 17:00:00 22.655330 22.655330 27.927370
2021-01-12 17:00:00 26.568913 26.568913 28.133330
2021-01-11 17:00:00 29.450333 29.450333 28.422499
2021-01-10 17:00:00 29.517471 29.517471 28.770207
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 29.049715

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 16.382253 16.382253 23.118889
2021-01-14 17:00:00 21.035333 21.035333 23.761783
2021-01-13 17:00:00 25.343019 25.343019 24.222024
2021-01-12 17:00:00 22.157434 22.157434 24.619699
2021-01-11 17:00:00 30.379747 30.379747 25.023844
2021-01-10 17:00:00 27.900797 27.900797 25.323811
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 25.581690

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 19.306931 19.306931 25.733793
2021-01-14 17:00:00 26.706231 26.706231 25.842564
2021-01-13 17:00:00 14.457831 14.457831 26.064379
2021-01-12 17:00:00 27.586207 27.586207 25.831500
2021-01-11 17:00:00 50.967742 50.967742 25.870220
2021-01-10 17:00:00 22.784810 22.784810 25.899260
2021-01-09 17:00:00 18.404118 35.974843 26.006561

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 17.739816 17.739816 13.523307
2021-01-14 17:00:00 13.283790 13.283790 13.852490
2021-01-13 17:00:00 9.474389 9.474389 13.921713
2021-01-12 17:00:00 9.928230 9.928230 13.711067
2021-01-11 17:00:00 17.786561 17.786561 13.781068
2021-01-10 17:00:00 14.872727 14.872727 13.730092
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 13.832641

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 12.772101 12.772101 14.158585
2021-01-14 17:00:00 14.829246 14.829246 14.383977
2021-01-13 17:00:00 11.367636 11.367636 14.837876
2021-01-12 17:00:00 14.990942 14.990942 15.097187
2021-01-11 17:00:00 16.073678 16.073678 15.424782
2021-01-10 17:00:00 12.259074 12.259074 15.660294
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 15.962008

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 39.911012 39.911012 40.061434
2021-01-14 17:00:00 32.070279 32.070279 41.322839
2021-01-13 17:00:00 25.839000 25.839000 40.831901
2021-01-12 17:00:00 43.561873 43.561873 41.242775
2021-01-11 17:00:00 55.327635 55.327635 41.974571
2021-01-10 17:00:00 48.539177 48.539177 41.927748
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 42.999998

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 24.979614 49.608637 42.196132
2021-01-14 17:00:00 37.285780 37.285780 41.948162
2021-01-13 17:00:00 38.888889 38.888889 42.004409
2021-01-12 17:00:00 31.545588 31.545588 41.971263
2021-01-11 17:00:00 39.324619 70.206972 40.999909
2021-01-10 17:00:00 38.814994 38.814994 39.656043
2021-01-09 17:00:00 44.911504 44.911504 39.208254

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 8.604938 25.767098 27.366612
2021-01-14 17:00:00 26.047045 26.047045 27.687202
2021-01-13 17:00:00 24.784748 24.784748 28.114107
2021-01-12 17:00:00 28.206699 28.206699 28.180257
2021-01-11 17:00:00 25.968109 25.968109 28.498364
2021-01-10 17:00:00 34.021824 34.021824 28.662219
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 28.913112

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 11.498416 17.995041 23.682644
2021-01-14 17:00:00 24.408784 24.408784 24.194483
2021-01-13 17:00:00 27.816901 27.816901 24.658372
2021-01-12 17:00:00 18.145957 18.145957 25.188092
2021-01-11 17:00:00 25.167038 25.167038 25.654306
2021-01-10 17:00:00 34.888060 34.888060 26.160173
2021-01-09 17:00:00 37.491091 20.135424 26.890823

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 24.066798 24.066798 26.755514
2021-01-14 17:00:00 26.866757 26.866757 27.571376
2021-01-13 17:00:00 23.424457 23.424457 28.249400
2021-01-12 17:00:00 21.285290 21.285290 28.676951
2021-01-11 17:00:00 28.483920 28.483920 29.081404
2021-01-10 17:00:00 33.367378 33.367378 29.581557
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 30.064897

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 16.050013 16.050013 13.394334
2021-01-14 17:00:00 11.289603 11.289603 13.551183
2021-01-13 17:00:00 10.462075 10.462075 13.854784
2021-01-12 17:00:00 14.200341 14.200341 14.009828
2021-01-11 17:00:00 28.931364 8.820024 14.196746
2021-01-10 17:00:00 18.467742 18.467742 14.562003
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 14.869102

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 6.500000 6.500000 10.430375
2021-01-14 17:00:00 12.692764 12.692764 10.317363
2021-01-13 17:00:00 11.411765 11.411765 10.175715
2021-01-12 17:00:00 8.275862 8.275862 9.962007
2021-01-11 17:00:00 10.080645 10.080645 10.105886
2021-01-10 17:00:00 12.187160 12.187160 10.052426
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 10.025066

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 76.334776 31.457431 38.181004
2021-01-14 17:00:00 35.582822 35.582822 39.108900
2021-01-13 17:00:00 40.512048 40.512048 40.664799
2021-01-12 17:00:00 24.384236 24.384236 41.886024
2021-01-11 17:00:00 35.310734 35.310734 41.859461
2021-01-10 17:00:00 55.508475 55.508475 42.600087
2021-01-09 17:00:00 48.780488 48.780488 43.026462

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 120.666667 120.666667 55.172845
2021-01-14 17:00:00 66.341463 66.341463 52.772498
2021-01-13 17:00:00 64.575646 64.575646 50.772685
2021-01-12 17:00:00 48.247423 48.247423 49.411337
2021-01-11 17:00:00 44.230769 17.490494 48.560364
2021-01-10 17:00:00 63.419118 35.477941 47.080713
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 45.645715

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 17.973586 28.385204 29.054657
2021-01-14 17:00:00 29.179435 29.179435 29.632253
2021-01-13 17:00:00 29.374090 29.374090 29.992826
2021-01-12 17:00:00 29.993342 29.993342 30.573604
2021-01-11 17:00:00 32.239280 32.239280 30.931678
2021-01-10 17:00:00 33.896159 33.896159 31.520140
2021-01-09 17:00:00 41.483888 23.395613 32.084713

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 23.067332 30.334973 31.275853
2021-01-14 17:00:00 36.776062 36.776062 31.047676
2021-01-13 17:00:00 25.548996 25.548996 31.681165
2021-01-12 17:00:00 29.305136 29.305136 31.345075
2021-01-11 17:00:00 22.454874 22.454874 31.181517
2021-01-10 17:00:00 52.938497 52.938497 31.366441
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 31.053967

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 14.631401 14.631401 11.477928
2021-01-14 17:00:00 10.895404 10.895404 11.826077
2021-01-13 17:00:00 8.927203 8.927203 11.973291
2021-01-12 17:00:00 30.763473 11.391881 11.927576
2021-01-11 17:00:00 12.157895 12.157895 11.967144
2021-01-10 17:00:00 13.473590 13.473590 12.103407
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 12.253631

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 30.794807 30.794807 29.069386
2021-01-14 17:00:00 28.981683 28.981683 28.978681
2021-01-13 17:00:00 31.130435 31.130435 28.904165
2021-01-12 17:00:00 29.681924 29.681924 28.654718
2021-01-11 17:00:00 30.726041 25.178486 28.560319
2021-01-10 17:00:00 33.604809 27.551669 28.444995
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 28.261797

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 15.743029 15.743029 13.661735
2021-01-14 17:00:00 11.468758 11.468758 14.176244
2021-01-13 17:00:00 13.643703 13.643703 14.012862
2021-01-12 17:00:00 11.503417 11.503417 14.044308
2021-01-11 17:00:00 18.398058 18.398058 14.219208
2021-01-10 17:00:00 11.459092 11.459092 14.262469
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 14.621801

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 23.819302 23.819302 21.623117
2021-01-14 17:00:00 18.935978 18.935978 20.751504
2021-01-13 17:00:00 24.898621 24.898621 20.842035
2021-01-12 17:00:00 15.495087 15.495087 20.739023
2021-01-11 17:00:00 26.486486 20.053836 20.045416
2021-01-10 17:00:00 33.771353 33.771353 19.926626
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 19.178342

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 28.985507 28.985507 22.300678
2021-01-14 17:00:00 16.666667 16.666667 23.297777
2021-01-13 17:00:00 19.387755 19.387755 22.692600
2021-01-12 17:00:00 8.092486 14.583333 22.548008
2021-01-11 17:00:00 29.347826 29.347826 22.689390
2021-01-10 17:00:00 35.185185 35.185185 23.105858
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 23.146005

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-15 17:00:00 26.688103 52.065298 52.718467
2021-01-14 17:00:00 47.955648 47.955648 54.327123
2021-01-13 17:00:00 50.280224 50.280224 55.906888
2021-01-12 17:00:00 52.926587 52.926587 57.496869
2021-01-11 17:00:00 61.602011 40.969900 60.504587
2021-01-10 17:00:00 56.727749 56.727749 62.709524
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 65.049481

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 16.382253 16.382253 23.118889
Basilicata 19.306931 19.306931 25.733793
Calabria 17.739816 17.739816 13.523307
Campania 12.772101 12.772101 14.158585
Emilia-Romagna 39.911012 39.911012 40.061434
Friuli Venezia Giulia 24.979614 49.608637 42.196132
Lazio 8.604938 25.767098 27.366612
Liguria 11.498416 17.995041 23.682644
Lombardia 24.066798 24.066798 26.755514
Marche 16.050013 16.050013 13.394334
Molise 6.500000 6.500000 10.430375
P.A. Bolzano 76.334776 31.457431 38.181004
P.A. Trento 120.666667 120.666667 55.172845
Piemonte 17.973586 28.385204 29.054657
Puglia 23.067332 30.334973 31.275853
Sardegna 14.631401 14.631401 11.477928
Sicilia 30.794807 30.794807 29.069386
Toscana 15.743029 15.743029 13.661735
Umbria 23.819302 23.819302 21.623117
Valle d'Aosta 28.985507 28.985507 22.300678
Veneto 26.688103 52.065298 52.718467

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Fri Jan 15 18:14:15 2021 revision 160, 144a58d